Varias veces cuando veo películas o programas o leo historias, tiendo a apoyar al antagonista. ¿Está mal e inmoral?

No necesariamente. Solo muestra que ves un argumento válido en las acciones del antagonista. Algo que el director o el autor, según sea el caso, puede haber pasado por alto.
Por ejemplo, a veces creo que el papel de Timothy Olyphant, como antagonista, en Die Hard 4 está justificado. Él sólo quiere advertir a los Estados Unidos.

A menudo, el director / autor trata de representar emociones e ideales humanos profundos en forma de antagonista. No podemos estar de acuerdo con todo lo que el protagonista puede hacer. Pero el antagonista es un reflejo de nosotros. Nunca podemos estar en desacuerdo con el antagonista. Los mejores ejemplos son Joker & Bane.