Buena pregunta. Vale la pena decir que cada clan humano favorece a los grupos y los favorece a los grupos. Eso debería aparecer en los universales humanos de Steven Brown (ver Wikipedia). Ciertamente es cierto para los chimpancés, nuestro pariente vivo más cercano.
Hay excepciones obvias al favoritismo dentro del grupo. La exogamia implica encontrar un clan amigo para casarse, y la exogamia es la norma en las sociedades tribales humanas (para evitar la crianza).
Steven Pinker y Nicholas Wade son buenos escritores científicos sobre ese tema. La división del chimpancé homínido ocurrió hace 4 millones de años, cuando vivían nuestros ancestros comunes. Así que esto es extremadamente antiguo, y probablemente altamente conservado en la evolución de los primates sociales. Se dice que el bonobo es una excepción, pero me siento un poco escéptico al respecto. Ciertamente usan el placer sexual mutuo como un mecanismo de unión social. La pregunta evolutiva tiene que ver con la competencia espermática, que también es ultra conservada para favorecer a los machos y hembras más aptos. Así que tiene que haber algo que los bonobos estén haciendo que no entendamos completamente.
El favoritismo dentro del grupo es compatible con el comportamiento amistoso y amoroso de los miembros del grupo externo, como se puede ver en la web cuando un gran depredador “adopta” un animal bebé. Tanto el cuidado de los jóvenes como el favoritismo en el grupo son factores importantes en los mamíferos y algunas aves.
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Steven Pinker afirma que la agresión fuera del grupo ha disminuido a lo largo de los siglos, por lo que hoy en día estamos mejor juntos. Obviamente, también hay tendencias regresivas.
En lo que respecta a los grupos que se definen por creencias compartidas en lugar de por la biología, eso probablemente se remita a los “humanos conductualmente modernos” (simbólicos) que llegaron más tarde que los humanos anatómicamente modernos, o eso se cree. Eso sería de 100K a 600K años atrás, pero ese número sigue cambiando. Las religiones “universalistas” son probablemente mucho más recientes, donde las creencias cuentan más que las relaciones familiares. Probablemente miles de años, no decenas de miles.