Depende del campo. En algunos campos (matemáticas y física) se da por sentado que todos en el mundo académico tienen un doctorado, y sería un gran paso en falso, llamar a alguien Sr. X. La lógica es que ya sabes que tienen un Ph.D. ., llamándolos señor algo implica algo negativo.
También algo de eso depende del contexto. Si un estudiante de secundaria o un estudiante universitario llamado profesor “Sr. X” no creo que esto cause un problema. Si uno de los compañeros del profesor los llamara Sr. X, probablemente se consideraría extremadamente grosero. Irónicamente, es probable que sea peor que llamar a alguien por su nombre. Si llama a alguien por su nombre, no se cuestiona su competencia profesional.