¿Es posible hacer una pregunta “¿Por qué X es Popular” sin que los fanáticos de X asuman que hay una afirmación negativa implícita?

Sí, solo hazlo y no te preocupes por eso. Creo que hay un amplio entendimiento de que los usuarios hacen preguntas como esta por muchas razones: curiosidad general en la parte superior de la lista. Si navega por las diversas preguntas y respuestas en este tema, creo que tendrá una sensación de curiosidad general, no de hostilidad.