El MEG clínico es útil para la localización de un foco epiléptico en el cerebro.
El EEG puede detectar señales anormales de un foco epiléptico en 85 a 90% de los pacientes con epilepsia. Pero las descargas que están bien circunscritas dentro de los pliegues del cerebro son difíciles de detectar por EEG. Muchas de esas descargas son detectables con MEG.
MEG no es superior a EEG, es complementario. Por lo general, el MEG se realizará en concierto con EEG de alta densidad y los picos detectados por cualquiera de los métodos se correlacionarán anatómicamente.
Sin embargo, una ventaja con MEG es que es mucho más fácil modelar cómo se propagan los campos magnéticos en la cabeza que cómo lo hacen los campos eléctricos. Cuando llega el momento de hacer una estimación de las fuentes actuales de dipolo, el supuesto foco de la epilepsia del paciente, las estimaciones MEG pueden ser más limpias.