La mejor suposición es que tiene orígenes cristianos, las mismas raíces, de hecho, como cruzar los dedos para tener suerte.
En los primeros años de la Iglesia, los chrsitianos se cruzaron los dedos como una invocación de la cruz de Jesús, para implorar al dios cristiano la suerte. Puedes ver esa práctica capturada en este cuadro de la Última Cena.
Jesús cruza los dedos. 
Es un pequeño paso desde cruzar los dedos para pedir buena suerte, hasta cruzar los dedos para pedir que se le perdone el pequeño pecado de decir una mentira blanca. 
Dedos cruzados