No soy un hablante nativo de inglés, así que puedo estar equivocado, pero la fobia no siempre significa un miedo irracional. Podría significar contra o repulsión. Ejemplos de materiales hidrófobos que repelen del agua mientras que los materiales hidrófilos son aquellos que atraen el agua.
PD: soy musulmán y podría responder si el temor a los musulmanes es irracional o no, pero ese es otro tema.